①感染、发热、出血：患者在接受超剂量放、化疗后两周内，外周血白细胞下降至最低线，容易出现感染和发热，血小板低下时，容易出现出血。
②移植相关合并症：间质性肺炎、出血性膀胱炎、肝静脉闭塞症等。
③移植物抗宿主病（GVHD）：是异基因移植主要并发症和死亡原因，发生与配型不合密切相关。
④损伤重要脏器：心、肺、肾等损伤。
⑤移植物排斥：造血干细胞不能移植成功。
血液制品及抗生素支持治疗，造血生长因子应用、移植合并症的有效预防，使移植危险性降低，成功率增高。
由于造血干细胞移植是一项比较复杂的技术，对医疗护理都有极高的要求，因此患者本人要认真执行医生护士交待的每一项要求，同时要放下心理包袱，积极配合治疗。
